| Eupatorium saltivarii Sch. Bip. ex B.L. Rob. & Seaton, 1893 |
| Eupatorium saxorum Standl. & Steyerm., 1944 |
| Eupatorium scabrellum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium scandens L., 1753 |
| Eupatorium schaffneri Sch. Bip. ex B.L. Rob., 1892 |
| Eupatorium schiedeanum Schrad., 1832 |
| Eupatorium schiedeanum var. grosse-dentatum A. Gray, 1859 |
| Eupatorium schultzii Schnittsp., 1857 |
| Eupatorium scoparioides L.O. Williams, 1975 |
| Eupatorium scorodonioides A. Gray, 1880 |
| Eupatorium scorodonioides var. grossedentum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium secundiflorum Lag., 1816 |
| Eupatorium selerianum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium semialatum Benth., 1841 |
| Eupatorium serotinum Michx., 1803 |
| Eupatorium sexangulare (Klatt) B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium sideritidis Benth., 1853 |
| Eupatorium siltepecanum B.L. Turner, 1990 |
| Eupatorium sinaloense B.L. Rob., 1926 |
| Eupatorium sinclairii Benth., 1853 |