| Eupatorium cognatum Kunth & Bouché, 1847 |
| Eupatorium collinum DC., 1836 |
| Eupatorium collinum var. collinum DC., 1836 |
| Eupatorium collinum var. mendezii (DC.) McVaugh, 1972 |
| Eupatorium collodes B.L. Rob. & Greenm., 1895 |
| Eupatorium conoclinium Mill. ex B.L. Turner, 1997 |
| Eupatorium conspicuum Kunth & Bouché, 1847 |
| Eupatorium conspicuum var. pueblense B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium constipatiflorum Klatt, 1894 |
| Eupatorium conyzoides Mill., 1768 |
| Eupatorium conzattii Greenm., 1899 |
| Eupatorium corvi McVaugh, 1972 |
| Eupatorium costaricense Kuntze, 1891 |
| Eupatorium coulteri B.L. Rob., 1901 |
| Eupatorium crassirameum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium cremastum B.L. Rob., 1906 |
| Eupatorium crenaeum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium critonioides Steetz, 1854 |
| Eupatorium cronquistii (R.M. King & H. Rob.) B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium cupressorum Standl. & Steyerm., 1944 |