| Eupatorium amarum Vahl, 1794 |
| Eupatorium amblyolepis B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium amplifolium A. Gray, 1879 |
| Eupatorium angulifolium B.L. Rob., 1922 |
| Eupatorium antiquorum Standl. & Steyerm., 1940 |
| Eupatorium araliifolium Less., 1831 |
| Eupatorium arborescens M.E. Jones, 1908 |
| Eupatorium areolare DC., 1836 |
| Eupatorium areolare var. leiocarpum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium argutum Kunth, 1818 |
| Eupatorium aromatisans DC., 1836 |
| Eupatorium arsenei B.L. Rob., 1934 |
| Eupatorium aschenbornianum Schauer, 1847 |
| Eupatorium astellerum B.L. Turner, 1977 |
| Eupatorium atrocordatum B.L. Rob., 1934 |
| Eupatorium atrorubens G. Nicholson, 1885 |
| Eupatorium azureum DC., 1836 |
| Eupatorium bartlettii B.L. Rob., 1932 |
| Eupatorium bellidifolium Benth., 1840 |
| Eupatorium berlandieri DC., 1836 |