| Eupatorium mariarum B.L. Rob., 1901 |
| Eupatorium marquezianum M. Gómez, 1889 |
| Eupatorium matudae (R.M. King & H. Rob.) B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium megalophyllum (Lem.) Klatt, 1884 |
| Eupatorium megaphyllum M.E. Jones, 1933 |
| Eupatorium mendax Standl. & Steyerm., 1944 |
| Eupatorium mendezii DC., 1836 |
| Eupatorium michelianum B.L. Rob., 1905 |
| Eupatorium micranthum Less., 1830 |
| Eupatorium microcephalum A. Gray, 1886 |
| Eupatorium microdon B.L. Rob., 1918 |
| Eupatorium microstemon Cass., 1822 |
| Eupatorium microstemon var. albiflorum Kuntze, 1891 |
| Eupatorium microstemon var. lilacinum Kuntze, 1891 |
| Eupatorium microstemon var. perennans B.L. Rob., 1934 |
| Eupatorium mimicum Standl. & Steyerm., 1944 |
| Eupatorium miquihuanum B.L. Turner, 1977 |
| Eupatorium miradorense Hieron., 1901 |
| Eupatorium misellum McVaugh, 1972 |
| Eupatorium modestum Kunth, 1847 |