| Eupatorium leonense B.L. Rob., 1901 |
| Eupatorium leptodictyon A. Gray, 1887 |
| Eupatorium leucocephalum Benth., 1841 |
| Eupatorium leucocephalum var. anodontum B.L. Rob., 1916 |
| Eupatorium leucoderme B.L. Rob., 1905 |
| Eupatorium leucolepis (DC.) Torr. & A. Gray, 1841 |
| Eupatorium liebmannii Sch. Bip. ex Klatt, 1884 |
| Eupatorium ligustrinum DC., 1836 |
| Eupatorium ligustrinum var. villiferum B.L. Rob., 1925 |
| Eupatorium loesenerii B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium longifolium B.L. Rob., 1901 |
| Eupatorium longipes A. Gray, 1880 |
| Eupatorium lozanoanum B.L. Rob., 1905 |
| Eupatorium lucentifolium L.O. Williams, 1975 |
| Eupatorium lucidum Ortega, 1797 |
| Eupatorium macdougallii (R.M. King & H. Rob.) B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium macrocephalum Less., 1830 |
| Eupatorium macrophyllum L., 1763 |
| Eupatorium madrense S. Watson, 1891 |
| Eupatorium magistri L.O. Williams, 1975 |