| Eupatorium herbaceum (A. Gray) Greene, 1901 |
| Eupatorium heterolepis B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium heydeanum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium hidalgense H. Rob., 1925 |
| Eupatorium hintonii (R.M. King & H. Rob.) B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium hintoniorum B.L. Turner, 1992 |
| Eupatorium holwayanum B.L. Rob., 1906 |
| Eupatorium horminoides (DC.) Baker, 1876 |
| Eupatorium hospitale B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium houstonianum L., 1753 |
| Eupatorium hylobium B.L. Rob., 1904 |
| Eupatorium hylonomum B.L. Rob., 1904 |
| Eupatorium hymenolepis B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium hypomalacum B.L. Rob., 1903 |
| Eupatorium hyssopinum A. Gray, 1880 |
| Eupatorium ibaguense Sch. Bip. ex Hieron., 1908 |
| Eupatorium ibaguense var. indiscretum Maguire, Steyerm. & Wurdack, 1957 |
| Eupatorium iltisii (R.M. King & H. Rob.) Whittem. ex B.L. Turner, 1997 |
| Eupatorium imitans B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium inaequidens Urb., 1899 |