| Eupatorium celtidifolium Lam., 1788 |
| Eupatorium ceriferum McVaugh, 1972 |
| Eupatorium chapalense S. Watson, 1891 |
| Eupatorium chiapense B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium choricephalum B.L. Rob., 1918 |
| Eupatorium chrysostyloides B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium chrysostylum B.L. Rob., 1905 |
| Eupatorium ciliatum Less., 1831 |
| Eupatorium coahuilense A. Gray, 1882 |
| Eupatorium cognatum Kunth & Bouché, 1847 |
| Eupatorium collinum DC., 1836 |
| Eupatorium collinum var. collinum DC., 1836 |
| Eupatorium collinum var. mendezii (DC.) McVaugh, 1972 |
| Eupatorium collodes B.L. Rob. & Greenm., 1895 |
| Eupatorium conoclinium Mill. ex B.L. Turner, 1997 |
| Eupatorium conspicuum Kunth & Bouché, 1847 |
| Eupatorium conspicuum var. pueblense B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium constipatiflorum Klatt, 1894 |
| Eupatorium conyzoides Mill., 1768 |
| Eupatorium conzattii Greenm., 1899 |