| Eupatorium aegirophyllum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium ageratifolium DC., 1836 |
| Eupatorium ageratifolium var. acuminatum J.M. Coult., 1890 |
| Eupatorium ageratifolium var. herbaceum A. Gray, 1852 |
| Eupatorium ageratoides Bertero ex DC., 1836 |
| Eupatorium albicaule Sch. Bip. ex Klatt, 1884 |
| Eupatorium albicaule var. laxius B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium altiscandens McVaugh, 1972 |
| Eupatorium amarum Vahl, 1794 |
| Eupatorium amblyolepis B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium amplifolium A. Gray, 1879 |
| Eupatorium anchisteum Grashoff & Beaman, 1969 |
| Eupatorium angulifolium B.L. Rob., 1922 |
| Eupatorium antiquorum Standl. & Steyerm., 1940 |
| Eupatorium araliifolium Less., 1831 |
| Eupatorium arborescens M.E. Jones, 1908 |
| Eupatorium areolare DC., 1836 |
| Eupatorium areolare var. leiocarpum B.L. Rob., 1900 |
| Eupatorium argutum Kunth, 1818 |
| Eupatorium aromatisans DC., 1836 |