| Eupatorium eggersii Hieron., 1908 |
| Eupatorium ehrenbergii Hemsl., 1881 |
| Eupatorium enigmaticum B.L. Turner, 1989 |
| Eupatorium enixum B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium eriocarpum B.L. Rob. & Greenm., 1896 |
| Eupatorium erythrocomum B.L. Rob., 1907 |
| Eupatorium erythropappum B.L. Rob., 1904 |
| Eupatorium espinosarum A. Gray, 1879 |
| Eupatorium espinosarum var. ambiguum A. Gray, 1879 |
| Eupatorium espinosarum var. doratophyllum B.L. Rob., 1925 |
| Eupatorium espinosarum var. subintegrifolium B.L. Rob., 1891 |
| Eupatorium etlense B.L. Rob., 1925 |
| Eupatorium fendleri (A. Gray) A. Gray, 1882 |
| Eupatorium filicaule Sch. Bip. ex A. Gray, 1886 |
| Eupatorium floribundum Kunth, 1818 |
| Eupatorium flourensifolium B.L. Turner, 1977 |
| Eupatorium fruticosum Mill., 1768 |
| Eupatorium galeanum B.L. Turner, 1992 |
| Eupatorium galeottii B.L. Rob., 1923 |
| Eupatorium geminatum McVaugh, 1972 |