| Habenaria triptera Rchb. f., 1850 |
| Habenaria troyana Fawc. & Rendle, 1909 |
| Habenaria tuerckheimii Schltr., 1906 |
| Habenaria umbratilis Ames & L.O. Williams, 1941 |
| Habenaria unalascensis (Spreng.) S. Watson, 1877 |
| Habenaria uncata R. Jiménez, L. Sánchez & García-Cruz, 2002 |
| Habenaria variegata Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria virens A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria volcanica (Lindl.) S. Watson, 1883 |
| Habenaria wercklei Schltr., 1923 |
| Habenaria xochitliae R. González, 2006 |
| Habenaria yookuaaensis Mejía-Marín, Espejo, López-Ferr. & R. Jiménez, 2017 |
| Habenaria zamudioana R. González, 1997 |
| Habenaria zapopana R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenella Small, 1903 |
| Habenella alata (Hook.) Szlach. & Kras-Lap., 2006 |
| Habenella brevilabiata (A. Rich. & Galeotti) Szlach. & Kras-Lap., 2006 |
| Habenella eustachya (Rchb. f.) Szlach. & Kras-Lap., 2006 |
| Habenella odontopetala (Rchb. f.) Small, 1933 |
| Habenella strictissima (Rchb. f.) Szlach. & Kras-Lap., 2006 |