| Habenaria stricta A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria strictissima Rchb. f., 1845 |
| Habenaria strictissima var. odontopetala (Rchb. f.) L.O. Williams, 1939 |
| Habenaria subauriculata B.L. Rob. & Greenm., 1896 |
| Habenaria szlachetkoana R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria talaensis R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria tamazulensis R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria tequilana R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria teresae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria tetranema Schltr., 1918 |
| Habenaria thurberi A. Gray, 1868 |
| Habenaria tricuspis A. Rich., 1850 |
| Habenaria trifida Kunth, 1816 |
| Habenaria triptera Rchb. f., 1850 |
| Habenaria troyana Fawc. & Rendle, 1909 |
| Habenaria tuerckheimii Schltr., 1906 |
| Habenaria umbratilis Ames & L.O. Williams, 1941 |
| Habenaria unalascensis (Spreng.) S. Watson, 1877 |
| Habenaria uncata R. Jiménez, L. Sánchez & García-Cruz, 2002 |
| Habenaria variegata Cuev.-Fig., 2010 |