| Habenaria Willd., 1805 |
| Habenaria acalcarata Espejo & López-Ferr., 1994 |
| Habenaria acutiflora A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria adenantha A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria agapitae R. González & Reynoso, 1993 |
| Habenaria agrestis R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria aguirrei R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria alata Hook., 1825 |
| Habenaria amesiana Schltr., 1918 |
| Habenaria atrata R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria atrocalcarata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria bicornis Lindl., 1835 |
| Habenaria bractescens Lindl., 1835 |
| Habenaria brevifolia Greene, 1881 |
| Habenaria brevilabiata A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria brownelliana Catling, 1987 |
| Habenaria calicis R. González, 1995 |
| Habenaria carvajaliana R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria casillasii R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria castroi R. González & Cuev.-Fig., 2006 |