| Habenaria clypeata Lindl., 1835 |
| Habenaria contrerasii R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria cooperi S. Watson, 1877 |
| Habenaria cortesii R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria crassicornis Lindl., 1835 |
| Habenaria cualensis R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria cuevasiana R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria diffusa A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria distans Griseb., 1866 |
| Habenaria distans var. jamaicensis (Fawc. & Rendle) Cogn., 1909 |
| Habenaria eatoniana R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria entomantha (Lex.) Lindl., 1835 |
| Habenaria entomantha var. subauriculata (B.L. Rob. & Greenm.) Ames & L.O. Williams, 1941 |
| Habenaria eustachya Rchb. f., 1885 |
| Habenaria felipensis Ames, 1910 |
| Habenaria filifera S. Watson, 1891 |
| Habenaria filipensis Ames, 1910 |
| Habenaria flexuosa Lindl., 1835 |
| Habenaria floribunda Lindl., 1835 |
| Habenaria gonzaleztamayoi García-Cruz, R. Jiménez & L. Sánchez, 2000 |