| Habenaria macvaughiana R. González, 1997 |
| Habenaria magistrae Carvajal & L.M. González, 2013 |
| Habenaria magnibracteata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria mariae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria matudae Salazar, 1999 |
| Habenaria mesodactyla Griseb., 1864 |
| Habenaria michauxii Nutt., 1818 |
| Habenaria micheliana R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria minima R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria mitodes Garay & W. Kittr., 1985 |
| Habenaria monorrhiza (Sw.) Rchb. f., 1885 |
| Habenaria nogeirana R. González & Cuev.-Fig., 2007 |
| Habenaria norae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria novemfida Lindl., 1842 |
| Habenaria ocadiziana J.M. Peinado-A., 2018 |
| Habenaria odontopetala Rchb. f., 1845 |
| Habenaria ofeliae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria oreophila Greenm., 1903 |
| Habenaria orizabensis A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria ortiziana R. González, 1995 |