| Habenaria pyramidalis Lindl., 1845 |
| Habenaria quinquecarinata R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria quinqueseta (Michx.) Sw., 1829 |
| Habenaria repens Nutt., 1818 |
| Habenaria rodriguezii R. González & Lizb. Hern., 2010 |
| Habenaria rosilloana R. González, 1997 |
| Habenaria rosulifolia Espejo & López-Ferr., 2000 |
| Habenaria ruizii R. González, 1992 |
| Habenaria rzedowskiana R. González, 1978 |
| Habenaria rzedowskii R. González, 1997 |
| Habenaria santanae R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria schaffneri S. Watson, 1888 |
| Habenaria sebastianensis R. González & Cuev.-Fig., 2010 |
| Habenaria setifera Lindl., 1840 |
| Habenaria similis Dressler, 2000 |
| Habenaria socorroae R. González & Cuev.-Fig., 2006 |
| Habenaria sparsiflora S. Watson, 1877 |
| Habenaria sparsiflora var. brevifolia (Greene) Correll, 1943 |
| Habenaria spathacea A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Habenaria spithamaea Schltr., 1918 |