| Epidendrum selligerum Bateman ex Lindl., 1838 |
| Epidendrum sellowii Rchb. f., 1850 |
| Epidendrum seriatum Lindl., 1853 |
| Epidendrum sertularioides Sw., 1788 |
| Epidendrum sessile Sw., 1788 |
| Epidendrum simile Schltr., 1918 |
| Epidendrum singuliflorum Schltr., 1912 |
| Epidendrum sisyrinchiifolium A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Epidendrum skinneri Bateman ex Lindl., 1836 |
| Epidendrum skinneri var. superbum R. Warner, 1862 |
| Epidendrum skutchii Ames, F.T. Hubb. & C. Schweinf., 1936 |
| Epidendrum smaragdinum Lindl., 1838 |
| Epidendrum sobralioides Ames & Correll, 1943 |
| Epidendrum solisequum Kraenzl., 1921 |
| Epidendrum spatella Rchb. f., 1856 |
| Epidendrum spectabile (Bateman ex Lindl.) Rchb. f., 1862 |
| Epidendrum squalidum Lex., 1825 |
| Epidendrum stallforthianum Kraenzl., 1912 |
| Epidendrum stamfordianum Bateman, 1838 |
| Epidendrum stamfordianum var. lawrenceanum hort. ex Stein, 1892 |