| Epidendrum doeringii (Hoehne) A.D. Hawkes, 1957 |
| Epidendrum dorsocarinatum Hágsater, 1984 |
| Epidendrum dressleri Hágsater, 1987 |
| Epidendrum dunnii A.D. Hawkes, 1952 |
| Epidendrum durangense Hágsater & Holman, 1984 |
| Epidendrum eduardo-perezii Hágsater & E. Santiago, 2013 |
| Epidendrum elegans (Knowles & Westc.) Rchb. f., 1862 |
| Epidendrum ensatum A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Epidendrum ensicaulon A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Epidendrum equitans Lindl., 1838 |
| Epidendrum equitantifolium Ames, 1923 |
| Epidendrum erectifolium Hágsater & L. Sánchez, 1993 |
| Epidendrum erubescens Lindl., 1841 |
| Epidendrum eustirum Ames, F.T. Hubb. & C. Schweinf., 1935 |
| Epidendrum examinis S. Rosillo, 1984 |
| Epidendrum eximium L.O. Williams, 1941 |
| Epidendrum eximium var. amesianum (Correll) C. Schweinf., 1955 |
| Epidendrum falcatum Lindl., 1840 |
| Epidendrum falcatum var. zeledoniae Schltr., 1923 |
| Epidendrum flabellatum Lindl., 1853 |