| Malaxis porphyrea (Ridl.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis pringlei (S. Watson) Ames, 1922 |
| Malaxis ramirezii R. González, 1994 |
| Malaxis realdelmontensis Salazar & R. Jiménez, 2024 |
| Malaxis reichei (Schltr.) Ames & C. Schweinf., 1935 |
| Malaxis ribana Espejo & López-Ferr., 2002 |
| Malaxis roblesgiliana R. González, 2000 |
| Malaxis rodrigueziana R. González, 1994 |
| Malaxis rosei Ames, 1922 |
| Malaxis rosilloi R. González & E.W. Greenw., 1984 |
| Malaxis rositae R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis ruizii R. González, 1992 |
| Malaxis rzedowskiana R. González, 2001 |
| Malaxis salazarii Catling, 1990 |
| Malaxis simillima (Rchb. f.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis soulei L.O. Williams, 1934 |
| Malaxis steyermarkii Correll, 1948 |
| Malaxis streptopetala (B.L. Rob. & Greenm.) Ames, 1922 |
| Malaxis stricta L.O. Williams, 1950 |
| Malaxis tamayoana Garay & W. Kittr., 1985 |