| Malaxis rosilloi R. González & E.W. Greenw., 1984 |
| Malaxis rositae R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis ruizii R. González, 1992 |
| Malaxis rzedowskiana R. González, 2001 |
| Malaxis salazarii Catling, 1990 |
| Malaxis simillima (Rchb. f.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis soulei L.O. Williams, 1934 |
| Malaxis steyermarkii Correll, 1948 |
| Malaxis streptopetala (B.L. Rob. & Greenm.) Ames, 1922 |
| Malaxis stricta L.O. Williams, 1950 |
| Malaxis tamayoana Garay & W. Kittr., 1985 |
| Malaxis tenuis (S. Watson) Ames, 1922 |
| Malaxis tepicana Ames, 1922 |
| Malaxis tequilensis R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis thlaspiformis A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Malaxis triangularis Dressler, 2004 |
| Malaxis tuerckheimii (Schltr.) Ames, 1922 |
| Malaxis uncinata Ames & C. Schweinf., 1930 |
| Malaxis unifolia Michx., 1803 |
| Malaxis urbana E.W. Greenw., 1992 |