| Malaxis linguella (Rchb. f.) Ames, 1922 |
| Malaxis lizbethiae R. González & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis longisepala (Ridl.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis luceroana R. González, 1992 |
| Malaxis lyonnetii Salazar, 1997 |
| Malaxis macrantha Ames, 1908 |
| Malaxis macrostachya (Lex.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis macvaughiana R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis magniauriculata Salazar, R. Jiménez & Castañeda-Zárate, 2024 |
| Malaxis maguirei C. Schweinf., 1948 |
| Malaxis maianthemifolia Schltdl. & Cham., 1831 |
| Malaxis marthaleidae R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis martinezii R. González, 1991 |
| Malaxis maxonii Ames, 1923 |
| Malaxis mexicana Ames, 1922 |
| Malaxis micheliana R. González, Lizb. Hern. & E. Ramírez, 2008 |
| Malaxis molotensis Salazar & de Santiago, 2007 |
| Malaxis montana (Rothr.) Kuntze, 1891 |
| Malaxis monticola A. Rich. & Galeotti, 1845 |
| Malaxis myurus (Lindl.) Kuntze, 1891 |