| Encyclia ramonensis (Rchb. f.) Schltr., 1918 |
| Encyclia rhombilabia S. Rosillo, 1986 |
| Encyclia rhynchophora (A. Rich. & Galeotti) Dressler, 1961 |
| Encyclia rodolfoi Archila, Chiron & Véliz, 2013 |
| Encyclia rzedowskiana Soto Arenas, 2003 |
| Encyclia selligera (Bateman ex Lindl.) Schltr., 1914 |
| Encyclia semiaperta Hágsater, 1984 |
| Encyclia sisyrinchiifolia (A. Rich. & Galeotti) Schltr., 1918 |
| Encyclia spatella (Rchb. f.) Schltr., 1924 |
| Encyclia suaveolens Dressler, 1971 |
| Encyclia subulatifolia (A. Rich. & Galeotti) Dressler, 1961 |
| Encyclia tenuissima (Ames, F.T. Hubb. & C. Schweinf.) Dressler, 1961 |
| Encyclia tessellata (Bateman ex Lindl.) Schltr., 1918 |
| Encyclia trachycarpa (Lindl.) Schltr., 1918 |
| Encyclia trachychila (Lindl.) Schltr., 1918 |
| Encyclia triptera (Brongn.) Dressler & G.E. Pollard, 1971 |
| Encyclia tripunctata (Lindl.) Dressler, 1961 |
| Encyclia trulla (Rchb. f.) Christenson, 1996 |
| Encyclia tuerckheimii Schltr., 1918 |
| Encyclia uxpanapensis Salazar, 1999 |