| Lonchocarpus robustus Pittier, 1917 |
| Lonchocarpus roseus (Mill.) DC., 1825 |
| Lonchocarpus rugosus Benth., 1860 |
| Lonchocarpus rugosus subsp. apricus (Lundell) M. Sousa, 1987 |
| Lonchocarpus rugosus subsp. stipulaceus M. Sousa, 2008 |
| Lonchocarpus rugosus var. hintonii (Sandwith) F.J. Herm., 1948 |
| Lonchocarpus rugosus var. rugosus Benth., 1860 |
| Lonchocarpus salvadorensis Pittier, 1917 |
| Lonchocarpus sanctuarii Standl. & L.O. Williams, 1952 |
| Lonchocarpus santarosanus Donn. Sm., 1914 |
| Lonchocarpus schiedeanus (Schltdl.) Harms, 1921 |
| Lonchocarpus schubertiae M. Sousa, 1989 |
| Lonchocarpus scorpioides M. Sousa ex Cruz Durán & Andrade, 2019 |
| Lonchocarpus sepium (Jacq.) DC., 1825 |
| Lonchocarpus septentrionalis M. Sousa, 2010 |
| Lonchocarpus sericeus (Poir.) Kunth, 1825 |
| Lonchocarpus sericeus subsp. palmeri (Rose) M. Sousa, 1987 |
| Lonchocarpus sericeus subsp. sericeus (Poir.) Kunth, 1825 |
| Lonchocarpus sericeus var. glabrescens Benth., 1860 |
| Lonchocarpus sinaloensis (Gentry) F.J. Herm., 1949 |