| Oncidium reflexum var. intermedium Regel, 1856 |
| Oncidium reichenheimii (Linden & Rchb. f.) Garay & Stacy, 1974 |
| Oncidium retemeyerianum Rchb. f., 1856 |
| Oncidium saltator Lem., 1847 |
| Oncidium salvadorense Schltr., 1913 |
| Oncidium sawyeri L.O. Williams, 1951 |
| Oncidium scriptum (Scheidw.) Rchb. f., 1863 |
| Oncidium signatum Rchb. f., 1881 |
| Oncidium sotoanum R. Jiménez & Hágsater, 2010 |
| Oncidium sotoanum subsp. papalosmum R. Jiménez, 2010 |
| Oncidium sotoanum subsp. sotoanum R. Jiménez & Hágsater, 2010 |
| Oncidium sphacelatum Lindl., 1841 |
| Oncidium sphacelatum var. majus Lindl., 1841 |
| Oncidium sphacelatum var. minus Lindl., 1841 |
| Oncidium stelligerum Rchb. f., 1873 |
| Oncidium stelligerum var. ernestii B.S. Williams ex T. Moore, 1887 |
| Oncidium stenoglossum (Schltr.) Dressler & N.H. Williams, 1975 |
| Oncidium stenostalix Rchb. f. ex Kraenzl., 1922 |
| Oncidium stramineum Bateman ex Lindl., 1838 |
| Oncidium suave Lindl., 1843 |