| Agmenellum Bréb., 1839 |
| Agmenellum thermale (Kütz.) F. E. Drouet & W. A. Daily, 1956 |
| Anacystis Menegh., 1837 |
| Anacystis aeruginosa (Nägeli) F. E. Drouet & W. A. Daily, 1956 |
| Anacystis cyanea (Kütz.) Drouet & Daily, 1952 |
| Anacystis dimidiata (Kütz.) F. E. Drouet & W. A. Daily, 1952 |
| Anacystis marina (Hansg.) F. E. Drouet & W. A. Daily, 1948 |
| Aphanocapsa Nägeli, 1849 |
| Aphanocapsa anodontae Hansg., 1892 |
| Aphanocapsa delicatissima W. West & G.S. West, 1912 |
| Aphanocapsa elachista W. West & G.S. West, 1894 |
| Aphanocapsa endolithica Ercegovic, 1925 |
| Aphanocapsa fonticola Hansg., 1890 |
| Aphanocapsa grevillei (Berk.) Rabenh., 1865 |
| Aphanocapsa holsatica (Lemmerm.) Cronberg & Komárek, 1994 |
| Aphanocapsa incerta (Lemmerm.) Cronberg & Komàrek, 1994 |
| Aphanocapsa litoralis (Hansg.) Komárek & Anagn., 1995 |
| Aphanocapsa marina Hansg., 1890 |
| Aphanocapsa nubilum Komárek & H. Kling, 1991 |
| Aphanocapsa planctonica (G.M. Sm.) Komárek & Anagn., 1995 |