| Rogergoosiella A. Hern. Gut. & J. Mena, 1996 |
| Rogergoosiella roystoneicola A. Hern. Gut. & J. Mena, 1996 |
| Roigiella R. F. Castañeda, 1984 |
| Roigiella lignicola R. F. Castañeda, 1984 |
| Sadasivania Subram., 1957 |
| Sadasivania girisa Subram., 1957 |
| Sagartiogeton Carlgren, 1924 |
| Sagartiogeton californicus (Carlgren, 1940) |
| Sarcopodium Ehrenb., 1818 |
| Sarcopodium flavolanatum (Berk. & Broome) L. Lombard & Crous, 2015 |
| Savoryella E. B. G. Jones & R. A. Eaton, 1969 |
| Savoryella lignicola E. B. G. Jones & R. A. Eaton, 1969 |
| Schwanniomyces Klöcker, 1909 |
| Schwanniomyces alluvius Phaff, M.W. Mill. & W.B. Cooke, 1960 |
| Schwanniomyces occidentalis Klöcker, 1909 |
| Scolecobasidium E. V. Abbott, 1927 |
| Scolecobasidium constrictum E. V. Abbott, 1927 |
| Scolicotrichum Kunze, 1817 |
| Scolicotrichum musae Zimm., 1902 |
| Selenodriella R. F. Castañeda & W. B. Kendr., 1990 |