| Cheiromyceopsis echinulata Mercado & J. Mena, 1988 |
| Chlorociboria Seaver ex C. S. Ramamurthi, Korf & L. R. Batra, 1958 |
| Chlorociboria aeruginascens (Nyl.) Kanouse ex C. S. Ramamurthi, Korf & L. R. Batra, 1958 |
| Chlorociboria aeruginosa (Oeder) Seaver ex C. S. Ramamurthi, Korf & L. R. Batra, 1958 |
| Chlorociboria salviicolor (Ellis & Everh.) Korf, 1979 |
| Chloroscypha Seaver, 1931 |
| Chloroscypha sabinae (Fuckel) Dennis, 1954 |
| Ciliofaurea Dragesco, 1960 |
| Ciliofaurea ornata (Dragesco, 1954) |
| Circinotrichum Nees, 1816 |
| Circinotrichum maculiforme Nees, 1816 |
| Circinotrichum olivaceum (Speg.) Piroz., 1962 |
| Circinotrichum papakurae S. Hughes & Piroz., 1971 |
| Cladocora Ehrenberg, 1834 |
| Cladocora arbuscula (Lesueur, 1821) |
| Cladocora debilis Milne-Edwards & Haime, 1849 |
| Cochlodinium F. Schütt, 1896 |
| Cochlodinium catenatum Okamura, 1916 |
| Cochlodinium cavatum Kof. & Swezy, 1921 |
| Cochlodinium citron Kof. & Swezy, 1921 |